新風機組控制包括：送風溫度控制、送風相對濕度控制、防凍控制、CO2濃度控制以及各種聯鎖內容。如果新風機組要考慮承擔室內負荷（如直流式機組），則還要控制室內溫度（或室內相對濕度）。
1. 送風溫度控制
送風溫度控制即是指定出風溫度控制，其適用條件通常是該新風機組是以滿足室內衛生要求而不是負擔室內負荷來使用的。因此，在整個控制時間內，其送風溫度以保持恒定值為原則。由于冬、夏季對室內要求不同，因此冬、夏季送風溫度應有不同的要求。也即是說，新風機組定送風溫度控制時，全年有兩個控制值——冬季控制值和夏季控制值，因此必須考慮控制器冬、夏工況的轉換問題。
送風溫度控制時，通常是夏季控制冷盤管水量，冬季控制熱盤管水量或蒸汽盤管的蒸汽流量。為了管理方便，溫度傳感器一般設于該機組所在機房內的送風管上。
2. 室內溫度控制
對于一些直流式系統，新風不僅能使環境滿足衛生標準，而且還可承擔全部室內負荷。由于室內負荷是變化的，這時采用控制送風溫度的方式必然不能滿足室內要求（有可能過熱或過冷）。因此必須對使用地點的溫度進行控制。由此可知，這時必須把溫感器設于被控房間的典型區域。由于直流系統通常設有排風系統，溫感器設于排風管道并考慮一定的修正也是一種可行的辦法。
除直流式系統外，新風機組通常是與風機盤管一起使用的。在一些工程中，由于考慮種種原因（如風機盤管的除濕能力限制等），新風機組在設計時承擔了部分室內負荷，這種做法對于設計狀態時，新風機組按送風溫度控制是不存在問題的。但當室外氣候變化而使得室內達到熱平衡時（如過渡季的某些時間），如果繼續控制送風溫度，必然造成房間過冷（供冷水工況時）或過熱（供熱水工況時），這時應采用室內溫度控制。因此，這種情況下，從全年運行而言，應采用送風溫度與室內溫度的聯合控制方式。
